Das Museum Viadrina pflegt zum gegenwärtigen Zeitpunkt (2017) über 100.000 Objekte, Photos und Archivalien. Es konzentriert seine Sammeltätigkeit auf die Stadt Frankfurt (Oder) sowie die angrenzenden Regionen. Entscheidend sind die ehemaligen, sich im Zeitverlauf immer wieder verschiebenden Verwaltungsgrenzen, in denen Frankfurt (Oder) Zentrum war und ist.
Das Museum übernimmt Objekte, Nachlässe, Privatsammlungen etc. mit regionalem Bezug sowie Objekte von alltagshistorischem Interesse.
Europäische und außereuropäische Instrumente vom 18. bis zum 20. Jahrhundert, Kuriosa und Raritäten sowie Instrumente des Frankfurter Musikinstrumentenbaus wie Altrichter (Blasinstrumente), Gruss (Klavierfabrik) und Sauer (Orgelbau)
Steingutfabrik Theodor Paetsch und weitere Frankfurter Keramikhersteller wie Otto Strahl, Steingut und Johann Carl Heinrich, Fayencen
Alltagsgegenstände vom 19. Jahrhundert bis heute sowie Arbeitsgeräte und Erzeugnisse von verschiedenen Gewerken
Hebräische Drucke des 17. und 18. Jahrhunderts aus Frankfurt (Oder), Friedländische Bibliothek
Märkische Glasmarken sowie Andenken aus Frankfurt (Oder), vorwiegend aus der zweiten Hälfte des 20. Jahrhunderts
Elektronik: Halbleiterwerk Frankfurt (Oder)
Gewehrfabrik Teschner & Co (Collath), Frankfurt (Oder), 1838 gegründet
Uniformen, Fahnen und Erinnerungstücher (1948-1989), Badeanzüge, Kopfbedeckungen und Schuhe mit zeitlichem Schwerpunkt vom frühen 20. Jahrhundert bis heute
vorrangig Oder-Spree-Gebiet
Frankfurt (Oder) und Oderlandschaften aus dem 19. und 20. Jahrhundert, Erzeugnisse der Druck- und Verlagsanstalt Trowitzsch & Sohn aus Frankfurt (Oder) sowie Künstler, die aus Frankfurt (Oder) stammen bzw. Bezug zu Stadt und Region haben:
Alisch, Werner Otto (13.06.1891 - 01.09.1957), Amdohr, Gertrud (1879 - 1943), Blanke, Wilhelm (11.03.1873 - 16.04.1936), Callmeyer, Marie (1866 - 1934), Banski, Hans (geboren um 1910), Banski, Joachim (1910 - 1945), Brendel, Carl-Alexander (24.06.1877 - 11.09.1945), Gehrmann, Gertrud (16.08.1884 - 23.01.1970), Götze, Walter (26.02.1901 - 23.02.1967), Grunemann, Rudolf (18.09.1906 - 06.04.1981), Guhl, Heinz (1940/50er Jahre), Hallatz, Emil (1837 - 15.09.1888), Heilmann, Max (07.04.1869 - 27.01.1956), Höder, Richard Hans (01.07.1898 - 01.10.1926), Kleindienst, Karl (1862 - 1942), Leonhardt, Monika (*1955), Rode, Christian Bernhard (25.07.1725 - 28.06.1797), Salzmann, Hans (1900 - 1973), Schröter, Adolf (09.01.1904 - 18.10.1997), Sieger, Kurt Heinz (16.04.1917 - 25.03.2002), Werner, Anton von (09.05.1843 - 04.01.1915).
Vielfältiges Material aus den Stadtkerngrabungen in Frankfurt (Oder), wie Heringstonnen und Maklerstab des 13. Jahrhunderts, rekonstruierte Lederschuhe des 13. bis 17. Jahrhunderts; heimisches Steinzeug aus dem 15. Jahrhundert und Zierkacheln aus dem 16. und 17. Jahrhundert
Belegstücke aus Frankfurter Ziegeleien, Spolien und Plastiken von Frankfurter Häusern